Alur MD: Simple, Advanced, dan analisis trajectory

Prasyarat dan pemetaan sumber

Instal MD/analysis pada Pengaturan → Compute dan verifikasi kemampuan LAMMPS/analisis serta isolasi native. MD memakai Your computer pada workflow saat ini.
Gunakan struktur atau trajectory dengan sel simulasi valid, koordinat diketahui, identitas partikel, dan massa. Dump yang hanya memiliki nomor tipe tidak cukup untuk menyimpulkan elemen atau massa.
Petakan setiap tipe partikel sebelum memilih force field. Periksa bahwa aset potential yang diunggah mendukung seluruh elemen, atom style terpilih, dan sistem satuan yang diperlukan.
Jeda playback trajectory dan selesaikan analisis frame sebelum mengirim simulasi. Simpan trajectory asli dan sitasi model; pemeriksaan integritas/runtime yang berhasil tidak membuktikan akurasi fisik.

Susun tahap simulasi Simple

Konfigurasi MD Simple — Simple adalah workflow Guided pada antarmuka saat ini.

Tambahkan modul MD simulation ke project dan hubungkan strukturnya, atau buka Simulation di MD Lab. Add stage memilih resep; buat latihan awal tetap pendek.
Buka konfigurasi tahap lalu pilih Simple. Periksa resep, potential, periodic boundary condition, ensemble, timestep, total steps, temperatur, kontrol tekanan bila relevan, dan random seed.
Periksa Output & Trajectory. Thermo interval dan Trajectory interval adalah jumlah langkah; pilih interval yang menghasilkan data berguna selama durasi rencana tanpa penggunaan disk berlebihan.
Pilih Inspect in.lammps. Verifikasi input lengkap yang dihasilkan, pemetaan sumber dan potential, timestep tetap, urutan tahap, dan perintah output. Save to library menyimpan setup yang dapat dipakai ulang; aksi ini tidak menjalankan solver.
Pilih Run step untuk satu tahap, atau periksa Run selected/Run all untuk rangkaian berurutan yang dimaksud. Periksa alokasi compute dan kirim satu kali.

Besaran UI	Satuan tampilan	Interpretasi
Timestep	fs	Input dengan units metal yang dihasilkan mengonversinya ke ps. Simpan timestep tetap dan durasi tahap.
Temperatur / damping	K / ps	Temperatur dan waktu relaksasi thermostat adalah kontrol berbeda.
Tekanan / damping	bar / ps	Periksa ensemble dan arah periodik sebelum pengaturan kopling tekanan.
LJ epsilon / sigma / cutoff	eV / Å / Å	Parameter model harus cocok dengan spesies dan studi fisik yang dimaksud.
Strain rate / safety limit	s⁻¹ / ratio	Laju dan durasi total menentukan strain rencana; safety limit bukan konversi satuan target.

Advanced: Blocks dan input Expert

Blok MD Advanced dan input manual — Advanced tetap mempertahankan validasi input terkelola dan persyaratan isolasi.

Advanced adalah workflow LAMMPS terkelola, bukan shell tanpa batas atau file input standalone penuh. Phynite mengelola pemuatan sumber, satuan, boundary, massa, force field, waktu, dan path output. Eksekusi eksternal, include/jump, path file arbitrer, perintah bertingkat, serta output tak terkelola ditolak. Gunakan timestep tetap per tahap; perintah timestep adaptif tidak didukung kontrak waktu fisik tersimpan.

Beralih ke Advanced. Blocks membuka Command library dan rak Simulation commands berurutan. Tambahkan blok yang didukung, edit nilainya, dan periksa pratinjau perintahnya.
Gunakan kontrol On/Off, panah, atau handle geser pada blok untuk menentukan urutan eksekusi. Blok nonaktif tetap disimpan tetapi tidak masuk input yang dihasilkan.
Buka Expert untuk memeriksa perintah hasil kompilasi. Mengedit teks mentah membuat override yang mengendalikan tahap tersebut walaupun rak blok kemudian diubah. Regenerate from Blocks menghapus override secara eksplisit.
Baca validasi browser sebelum submit, lalu periksa in.lammps lagi. Perintah manual harus memuat run atau minimize serta lulus validasi runtime native dan probe isolasi.

Analisis frame tersimpan

Kontrol analisis MD untuk data trajectory tersimpan — Tinjau frame sumber dan parameter analisis sebelum menjalankan.

Buka Execution result simulasi selesai dan pilih Inspect trajectory bila trajectory tersimpan tersedia. Alternatifnya, impor trajectory yang diketahui dan pertahankan file aslinya.
Dalam workflow project, hubungkan trajectory ke modul MD analysis. Pilih Analysis: Radial distribution function, Common neighbor analysis, Polyhedral template matching, atau Coordination number.
Tetapkan cutoff dalam Å bila berlaku, lalu pilih Start frame dan Frame stride. Review run menyertakan sumber serta pengaturan analisis aktual. MD Lab juga menyediakan pipeline modifier; pertahankan urutannya saat membandingkan hasil.
Periksa tabel output, distribusi, klasifikasi struktur, atau artefak analisis tersimpan. Waktu sumber tetap tidak diketahui bila tidak dideklarasikan; nomor frame saja bukan waktu fisik yang berlalu.
Ekspor data numerik asli dan konfigurasi bersama figur. Simpan satuan, pemilihan frame, cutoff, dan identitas potential dalam catatan metode.

Baca hasil dan pulihkan dengan aman

Pengamatan	Yang diperiksa
Configuration ready	Field browser saat ini lulus validasi. Runtime, potential, dan isolasi tetap perlu pemeriksaan eksekusi yang berhasil.
Run tetap antre	Kesiapan worker, tahap sebelumnya, kapasitas resource, dan job aktif. Jangan kirim duplikat.
LAMMPS keluar atau melaporkan lost atoms	Baca error log pertama yang bermakna; periksa geometri, boundary, force field, timestep, pengaturan neighbor, serta resource sebelum mengubah parameter.
Trajectory atau metrik tidak tersedia	Periksa artefak tersimpan dan interval output. Data yang hilang bukan nol dan tampilan kosong bukan hasil fisik.
Dibatalkan atau terinterupsi	Tunggu status akhir, simpan log parsial, dan periksa hasil tersimpan sebelum run baru. Pemulihan hanya ditawarkan bila ada output tersimpan yang dapat diverifikasi.