Langsung ke isi
phynite-lab
Phynite DokumentasiUnduh

Tutorial: kalkulasi silikon pertama

Selesaikan kalkulasi keadaan dasar kecil sebelum menjalankan studi besar. Tutorial ini memeriksa alur struktur, worker, dan hasil. Parameter latihan bukan metode produksi yang sudah konvergen.

Panduan lengkap

Sebelum mulai

  • Masuk dengan akun undangan yang akan menjadi pemilik project dan hasil.
  • Hubungkan komputer Anda melalui Docker. Pertahankan Docker berjalan dan komputer tidak tidur. Terminal boleh ditutup setelah kontainer berjalan di latar belakang.
  • Siapkan struktur silikon diamond-cubic dalam CIF, POSCAR, atau format lain yang didukung. Simpan sumber serta parameter kisinya.
  • Gunakan sel primitif dua atom untuk latihan. Sel konvensional delapan atom juga valid secara fisik, tetapi energi total, vektor resiprok, dan biayanya berbeda.

Membuat dan memeriksa project

  1. Di Workspace, pilih Project baru. Isi nama Keadaan dasar silikon dan deskripsi opsional, lalu pilih Buat project.
  2. Buka project dari konfirmasi atau daftar, kemudian tambahkan struktur silikon.
  3. Pastikan Si merupakan satu-satunya spesies dan sel primitif berisi dua atom. Periksa panjang, sudut, satuan, serta tetangga terdekat.
  4. Pertahankan a, b, c periodik untuk silikon bulk. Sel berulang di tampilan bukan atom tambahan yang dikirim ke solver.
  5. Beri nama struktur yang mengidentifikasi sumbernya. Simpan file asli sebelum mengubah kisi.

Konfigurasi latihan

PilihanTitik awalAlasan pemeriksaan
WorkflowTotal energy / SCFMenghasilkan keadaan dasar self-consistent, bukan langsung figur lintasan band.
MetodePBE dengan pseudopotensial Si yang sesuaiFungsional atau pseudopotensial berbeda mengubah model dan titik nol energi.
Cutoff wavefunctionRekomendasi pseudopotensial yang diselesaikan aplikasiNilai dari potensial lain bukan bukti konvergensi yang dapat dipindahkan.
Cutoff kerapatanRekomendasi yang sesuaiRasio terhadap cutoff wavefunction bergantung pada jenis potensial.
Mesh integrasi4 × 4 × 4 sebagai awal latihanUlangi dengan mesh lebih rapat sebelum menafsirkan selisih energi kecil.
OkupansiPeriksa kebijakan okupansi isolatorPilihan smearing numerik tidak otomatis berarti material logam.
Sumber dayaAlokasi kecil dalam batas akunAlokasi menentukan sumber daya worker, bukan akurasi metode.

Menjalankan dan memeriksa

  1. Periksa input yang dihasilkan dan pilih tujuan compute yang dimaksud.
  2. Jalankan sekali, buka Log, dan ikuti Queued, Running, hingga status akhir.
  3. Cari konvergensi SCF pada output solver. Proses selesai tanpa self-consistency belum merupakan keadaan dasar yang dapat diterima.
  4. Catat energi total, jumlah atom, input eksekusi, identitas pseudopotensial, dan ID run.
  5. Untuk plot dispersi, tambahkan Band structure dengan lintasan resiprok sesuai sel. Setelah selesai, pilih Open in Figure Lab dari hasilnya.

Hasil yang diharapkan

Project berisi struktur asli, setup yang dapat diedit, dan record eksekusi dengan artefak hasil. Run band atau DOS terpisah menghasilkan sumber numerik untuk plot.

Tidak ada satu energi target universal untuk tutorial: nilainya bergantung pada potensial, sel, cutoff, dan konvensi. Periksa konvergensi internal serta identitas metode, bukan angka tanpa sumber.

Kegagalan dan pemulihan

  • Jika worker offline, sambungkan kembali dan tunggu job yang mengantre tanpa mengirim ulang.
  • Untuk status Failed, periksa input tersimpan dan kesalahan solver pertama yang bermakna di log sebelum mengubah pengaturan.
  • Untuk status Cancelled, simpan log parsial dan kirim run baru hanya setelah job sebelumnya mencapai status akhir.

Topik terkait