Langsung ke isi
phynite-lab
Phynite DokumentasiUnduh

Menghubungkan komputer melalui Phynite Compute

Jalankan kalkulasi DFT dan dinamika molekuler pada komputer sendiri melalui satu koneksi Phynite. Unduh aplikasi pendamping untuk sistem operasi Anda, buka, lalu setujui koneksi pada akun. Phynite Compute menyiapkan runtime Quantum ESPRESSO, LAMMPS, dan OVITO terverifikasi secara otomatis.

Panduan lengkap

Sebelum memulai

Phynite Compute memakai maksimal 4 CPU dan 8 GiB untuk satu job. Komputer dengan RAM terpasang 16 GB dapat menjadi titik awal. Kapasitas yang diperlukan tetap bergantung pada atom, cutoff, k-point, jumlah band, dan jenis kalkulasi.

Sediakan beberapa GB ruang disk untuk runtime terverifikasi dan pustaka ilmiah, serta ruang kerja hasil. Internet diperlukan untuk menghubungkan akun, menerima kalkulasi, dan mengunggah hasil.

KomputerUnduhanBuka
macOSPhynite Compute for macOSOpen Phynite Compute.command
Windows 10 / 11Phynite Compute for WindowsOpen Phynite Compute.cmd
LinuxPhynite Compute for Linux./phynite-compute

1. Unduh dan buka

  1. Buka Komputer Anda dari menu avatar. Website merekomendasikan unduhan yang sesuai dengan sistem operasi; tautan untuk sistem lain tetap tersedia.
  2. Ekstrak ZIP lalu buka launchernya. Aplikasi pendamping memeriksa engine lokal dan hanya membuka halaman installer resminya ketika prasyarat tersebut belum tersedia.
  3. Setup pertama mengunduh runtime ilmiah bertanda versi yang sesuai dengan arsitektur. Sesi berikutnya menggunakannya kembali dan mempertahankan volume privat Phynite Compute.

2. Setujui komputer ini

  1. Launcher kembali ke Komputer Anda dengan Kode koneksi 12 digit yang sudah terisi. Periksa halaman lalu pilih Hubungkan komputer.
  2. Setiap kode hanya dapat dipakai sekali dan berlaku 10 menit. Setujui hanya komputer milik Anda.
  3. Jika komputer lain sudah terhubung, selesaikan atau batalkan kalkulasi aktif sebelum mengonfirmasi penggantian.
  4. Setelah disetujui, Phynite Compute mengunduh dan memverifikasi pustaka ilmiah. Tunggu hingga status web berubah menjadi Terhubung. Satu koneksi tersebut mengaktifkan DFT Lab dan MD Lab.

3. Jalankan kalkulasi pertama

  1. Buka DFT Lab dan mulai dengan kalkulasi Total energy silikon kecil. Pilih Komputer Anda sebagai tujuan komputasi.
  2. Periksa log eksekusi. Job yang antre menunggu komputer terhubung dan dependensi sebelumnya. Satu kalkulasi berjalan pada satu waktu di komputer ini.
  3. Untuk hasil SCF yang berhasil, periksa konvergensi, JOB DONE, dan status akhir Completed. Penyelesaian juga memerlukan unggah hasil.
  4. Buka Figure Lab dari hasil selesai. Datanya tetap terhubung dengan project, kalkulasi sumber, dan pengaturan numerik.
  5. Buka MD Lab lalu jalankan equilibration Lennard-Jones kecil. MD memakai komputer terhubung yang sama dan tidak memerlukan pairing kedua.

Penggunaan harian

Volume privat Phynite Compute menyimpan koneksi dan pustaka yang diunduh. Pertahankan komputer aktif dan internet tersedia selama kalkulasi berjalan; website boleh ditutup.

Menghentikan engine lokal atau menidurkan komputer dapat menginterupsi kalkulasi. Pulihkan koneksi dan periksa status job sebelum mengirim duplikat. File kerja lokal yang selesai dibersihkan setelah tiga hari.

TindakanLokasi
Buka atau mulai ulang Phynite ComputeBuka kembali launcher yang diunduh
Periksa koneksiKomputer Anda pada menu akun
Lihat pesan teknisSetup manual lanjutan → Tampilkan log layanan
Batalkan kalkulasiGunakan Cancel pada log eksekusi dan tunggu status akhirnya

Memperbarui, memutus, atau memindahkan komputer

  1. Selesaikan atau batalkan kalkulasi aktif sebelum pembaruan, penggantian, atau pemutusan.
  2. Untuk memperbarui, unduh dan buka launcher terbaru. Launcher meminta konfirmasi sebelum mengganti runtime dan mempertahankan volume privat.
  3. Untuk memindahkan komputer, putuskan komputer lama pada Komputer Anda, unduh Phynite Compute di perangkat baru, lalu setujui kode barunya.

Pemecahan masalah

Yang terlihatYang perlu dilakukan
Engine lokal belum tersediaLauncher membuka halaman installer resmi. Instal, tunggu hingga siap, lalu buka kembali Phynite Compute.
Kode belum munculTunggu unduhan runtime pertama selesai. Buka kembali launcher atau gunakan Tampilkan log layanan pada Setup manual lanjutan.
Kode kedaluwarsa atau telah digunakanBuka kembali launcher untuk meminta dan membuka kode terbaru.
Disetujui, tetapi masih OfflineSetup pustaka pertama dapat memerlukan beberapa menit. Periksa log layanan lalu perbarui koneksi.
Job tetap antrePeriksa status Terhubung, tujuan Komputer Anda, dan dependensi selesai. Jangan kirim duplikat.
OOMKilled / exit 137Kalkulasi melebihi memori. Kurangi ukuran sistem atau jumlah band hanya jika sesuai secara ilmiah.

Diagnostik manual lanjutan

Setup normal tidak memerlukan Terminal atau PowerShell. Dukungan mungkin meminta Anda menjalankan perintah bertanda versi atau membaca log layanan terbaru. Perintah ini memakai runtime Docker read-only dan non-root yang sama dengan launcher.

Contoh / perintah
docker run -d --name phynite-compute --restart unless-stopped --init --read-only --cap-drop ALL --security-opt no-new-privileges --pids-limit 512 --cpus 4 --memory 8g --tmpfs /tmp:rw,size=512m -v phynite-compute:/state public.ecr.aws/p8i3a1t8/phynite/personal-compute@sha256:2e478dd301384eaa9ea754fcf6630de7fe7ad1ccb114fb5f5c5d8dba3d49a185
docker logs --tail 30 phynite-compute

Akses, data, dan pemeriksaan ilmiah

Layanan terisolasi hanya menerima kalkulasi milik akun yang menyetujui kodenya. Pemutusan koneksi mencabut akses. Tidak ada port masuk, socket Docker, atau direktori home host yang dibagikan.

Runtime memakai image read-only, volume penyimpanan khusus, pengguna non-root, serta batas CPU, memori, dan proses. Runtime memerlukan akses internet keluar untuk Phynite dan unduhan pustaka terverifikasi.

Pemilik komputer dapat memodifikasi perangkat lunaknya sendiri. Ikatan akun melindungi akses ke akun lain; ini tidak mensertifikasi hasil ilmiah. Periksa konvergensi, pengaturan numerik, versi solver, dan pseudopotensial sebelum publikasi.

Topik terkait