Langsung ke isi
phynite-lab
Phynite DokumentasiUnduh

Mengimpor dan memeriksa struktur

Periksa struktur sebagai model fisik sebelum menyiapkan input solver. Visualisasi yang tampak benar belum membuktikan satuan, okupansi, atau sel komputasinya sesuai.

Panduan lengkap

Memilih sumber

SumberPemeriksaan
CIFSatuan sel, koordinat fraksional, simetri, dan okupansi situs. Struktur dengan okupansi parsial memerlukan model atomistik yang sesuai.
POSCAR / CONTCARFaktor skala, urutan unsur, jumlah atom, serta koordinat Direct atau Cartesian.
XYZSatuan dan informasi sel. XYZ biasa tidak selalu mendefinisikan kisi periodik.
Input Quantum ESPRESSOCELL_PARAMETERS, ATOMIC_POSITIONS, spesies, dan satuan setiap card.
Materials ProjectIdentitas sumber, komposisi, sel standar, dan konvensi basis.
DFT LabGeometri, jarak antaratom, dan kesesuaian model yang Anda bangun.

Mengimpor file

  1. Pilih project tujuan.
  2. Gunakan Add structure / Import atau seret satu file struktur yang didukung ke DFT Lab.
  3. Periksa nama, rumus kimia, jumlah atom, dan parameter sel.
  4. Putar struktur dan gunakan pengulangan visual untuk mencari atom yang salah posisi atau tetangga yang tidak wajar.
  5. Selesaikan peringatan parser dan okupansi parsial sebelum menjalankan model QE terurut.

Koordinat fraksional dan Cartesian

Koordinat fraksional menyatakan r = f1 a + f2 b + f3 c, dengan a, b, c sebagai vektor kisi. Koordinat Cartesian menyatakan posisi pada sumbu ruang nyata dalam satuan panjang.

Mempertahankan koordinat fraksional sambil mengubah kisi dapat meregangkan posisi atom. Mempertahankan koordinat Cartesian menjaga posisi ruang nyata tetapi mengubah representasi fraksionalnya. Pastikan operasi yang dipilih sesuai deformasi yang dimaksud.

Sel primitif dan konvensional dapat merepresentasikan kristal yang sama dengan jumlah atom serta basis resiprok berbeda. Perbedaan ini memengaruhi energi total per sel, lintasan k, dan normalisasi DOS.

Informasi yang perlu dipertahankan

  • File asli atau identitas database asal.
  • Satuan, orientasi, dan pilihan sel primitif/konvensional.
  • Komposisi, okupansi, serta perlakuan cacat atau disorder.
  • Perubahan yang dilakukan sebelum kalkulasi, termasuk strain, vakum, dan relaksasi.

Topik terkait